Napriek spoločnému rozhraniu, ktorým je najmä dôraz na harmóniu mysle a tela, si nemožno tieto metódy zamieňať. Práve naopak, sú značne odlišné.
Joga akceptuje spiritualitu. Pilates má základ v antickej gymnastike a stredoeurópskych princípoch telesných cvičení. Pilates si nadovšetko cení zdravé telo, ale vie, že k tomu potrebuje sviežu a sústredenú myseľ.
Joga využíva brušné dýchanie. Pilates zdôrazňuje fyziológiu bránice, jej bočné rozpínanie, neustálu kontrolubrušnej steny. Joga učí statické polohy, ktoré sa striedajú bez opakovania.
Pilatesové cviky majú určitý počet opakovaní a po zvládnutí sa dajú zreťaziť do kreácií a cvičiť ako „nekonečná“ zostava. Pokus o spojenie oboch systémov, tzv. Jogalates, je čisto komerčnou záležitosťou, hybridom, ktorý je prakticky nepoužiteľný.